junさま。乳腺外科医のBです。
手術を無事に終えられなによりです。
治療方針については主治医の先生とよくご相談されていらっしゃることが伺えます。また、今後について考えるために病理結果についてよく考えられていらっしゃいますね。

乳がんの診断においてER、PgR、HER2などは針で採取した生検の結果と、手術の検体の結果では一致しないことは一定頻度で生じます。原因としては腫瘍の中でもそれらの発現のある部位とあまりない部位が混在しており生検では一部分しか評価できないため、あるいは検体の大きさが異なるので、サンプル取扱条件が一致しないために結果がやや異なって見える場合などが考えられます。

病理の診断は、将来再発のリスクがどの程度あるのかの予測、またあくまで次に何をするべきかの手がかりとして行います。そのため、生検と手術での評価が一致しない場合、その不一致により治療方針が大きく異なるかどうか、により再評価をすることもあります。
junさまの場合は、ERが強く陽性であることよりタモキシフェンの適応と考えられているのだと思います。PgRは強く陽性であっても陰性であってもタモキシフェンの適応であることは揺らがないと思われます。また非浸潤がんにおけるHER2の評価は必ずしも必須とはされていません。浸潤癌ではHER2が陽性の場合には抗癌剤治療や抗HER2治療の適応となります。一方、非浸潤がんの場合、あるいは浸潤癌があっても浸潤している部分がごくわずか（微小浸潤癌）の場合には遠隔転移のリスクはごく僅かであり、化学療法などの適応とはなりません。結果により治療方針に影響を及ぼさない検査は必須ではないということになります。junさんの場合には生検でとられた非浸潤がんの部位にHER2の発現があっても、治療方針には影響がないと考えられます。
Ki67の+か-表記というのは一般的ではないように思いますが、施設の基準があるかもしれないので、主治医の先生に伺って見られてはいかがでしょうか。（HER2と同様にKi67の結果で治療方針に大きな影響はないと思われますが）

セカンドオピニオンを受けられる場合には、ご自身が聞きたいことを明確にしておくと、よろしいかと思います。そしてまずは主治医に聞いてみてください。そのうえで主治医の協力も得て、資料の準備をされることがよいでしょう。

医療の中では病理検査のみならず、検査値などが一致しないなどの不確実さがあります。それらが皆様の不安の種となっていることもありますね。
医療者とのコミュニケーションや連携が不安解消に繋がりますように願っております。

お返事ありがとうございます。
混み合った外来診察の中で、治療方針に大きく関わらないような私の小さな疑問をいくつも質問するのは申し訳なくてなかなか言い出せないことも多いのですが、今回投稿させていただき、お返事をいただき、質問内容も整理できましたので、勇気を出して質問してみます。
ありがとうございました。